在放电期间进行防水锂电池均衡所花时间较长。由于放电速度与负载电阻阻值有关，在系统工作时进行均衡效率低。假如在放电期间进行均衡同时希望均衡时间较短，则要外接一个导通电阻较小的功率晶体管，此类晶体管十分普遍。
假如希望在放电期间快速均衡，就必须将低阻值电阻与功率晶体管串联以降低功率晶体管的功耗。假如没有这个限流电阻，晶体管会很快地消耗掉防水锂电池电能。
在充电期间测量防水锂电池电压并不准确，而且会引起过早的防水锂电池均衡。因此，必须周期性地停止充电以便测量电池电压。在充电期间进行均衡还要一个导通电阻低的外部功率晶体管以实现电池均衡，这将出现在放电期间均衡相同的局限性。
均衡管理工艺设计在任何一种防水锂电池系统中都显得十分重要，现在均衡管理无论是电动叉车锂电池系统还是新能源车用锂电池系统都离不开均衡管理，电池组装内部均衡管理当中，无论是传统的铅酸电池，还是现在很火的防水锂电池，性能的好坏不是单只的电芯的性能如何，而是更多取决于整体防水锂电池组的均衡管理性能表现。
